مالیات نقل و انتقال املاک طبق ماده ۵۹ قانون مالیات های مستقیم ۵% ارزش معاملاتی (که مطابق ماده ۶۴ همان قانون تعیین می‌گردد) محاسبه میشود. در صورت انتقال حق واگذاری (حق کسب یا پیشه یا حق تصرف محل یا حقوق ناشی از موقعیت تجاری محل که به سرقفلی معروف است) ۲% مبلغ دریافت شده توسط مالک، ملاک تعیین مالیات خواهد بود.
تعیین میزان ارزش معاملاتی بر عهده “کمسیون تقویم املاک” می‌باشد. کمسیون تقویم املاک ارزش معاملاتی را از طریق ضوابط زیر تعیین می‌کند:
معادل ٢٪ میانگین قیمت روز منطقه، این شاخص هر سال به میزان دو واحد درصد، افزایش می یابد تا زمانی که ارزش معاملاتی هر منطقه به بیست درصد (۲۰ %) میانگین قیمتهای روز املاک برسد.
با در نظر گرفتن عواملی مثل اسکلت، عمر بنا، کاربری و نوع مالکیت
با در نظر گرفتن نوع کاربری و موقعیت مکانی زمین
نقل و انتقال قطعی املاک که در اجرای قوانین و مقررات اصلاحات ارضی بعمل آمده و یا خواهد آمد و واحدهای مسکونی از طرف شرکتهای تعاونی مسکن به اعضاء آنها مشمول مالیات نقل و انتقال نخواهد بود.
املاکی که در اجرای ماده ۳۴ قانون ثبت مصوب مرداد ماه ۱۳۲۰ و اصلاحات بعدی آن به دولت تملیک میشود از پرداخت مالیات نقل و انتقال قطعی معاف است.(ماده 68)
فسخ معاملات قطعی املاک بر اساس حکم مراجع قضایی به طور کلی و اقاله یا فسخ معاملات قطعی املاک در سایر موارد تا شش ماه بعد‌از انجام معامله به عنوان معامله جدید مشمول مالیات نقل و انتقال نخواهد بود.
زمین‌هایی که از طریق اسناد عادی معامله گردیده است در موقع تنظیم سند رسمی به نام خریدار،قیمت اعیانی احداث شده به وسیله خریدار در محاسبه منظور نخواهد شد مشروط بر این که موضوع، مورد تأیید مراجع ذیصلاح‌دولتی یا محاکم قضایی یا شهرداری محل که ملک در محدوده آن واقع است حسب مورد قرار گرفته باشد.