ختنه نوزادان یک عمل جراحی است که ممکن است به عوارضی مانند عفونت‌های باکتریایی، ویروسی و قارچی منتقل شود. بیماری‌هایی مانند ایدز، هپاتیت B و C، سیفیلیس و انگل‌هایی مانند مالاریا و چاگاس می‌توانند از طریق ختنه نوزادان به دیگر افراد منتقل شوند. بنابراین، توجه به بهداشت و ضدعفونی در زمان انجام ختنه بسیار اهمیت دارد.